Objetivo
Configurar o Fiscal.io Monitor para que desative a inicialização automática.
Passo 1 - Configurações
Clique em no botão de [Configurações].
Passo 2 - Opções gerais
Clique na aba [Opções gerais].
Identifique a sessão [Outras configurações], ative a opção [Desativar inicialização automática ao ligar o computador] e, ao final, em [Salvar].

Desativando a inicialização automática o Fiscal.io Monitor fará a busca na SEFAZ somente quando o usuário abrir o programa.
Pode ter falta de XMLs no sistema se ele não for ativado dentro do período de 45 dias.